توسعهی فیلتری جدید برای استخراج لکّههای پروتیینی در تصاویر الکتروفورز ژل دو بعدی
نویسندگان
چکیده مقاله:
الکتروفورز ژل دو بعدی یکیاز روشهای پایه و پرکاربرد در علم پروتئومیک است. درین روش، پروتیینهای موجود در نمونهی اوّلیه براساس دو ویژگی وزن مولکولی و بار الکتریکی در دو بعد ازهم جدا شده و تصویری از لکّههای پروتیینی میدهد. به دلیل تعداد زیاد لکّههای پروتیینی موجود دریک ژل نمونه که نزدیک به هم قرار دارند، پردازش تصاویر فرآیندی پیچیده است. وجود منابع نویز و آرتیفکت همچون شکستگیها، آرتیفکتهای ناشیاز رنگآمیزی، رگهها و موارد دیگر، جداسازی نواحی تصاویر با چالشهای گوناگونی مواجه است. درین پژوهش، برپایهی ویژگیهای مکان/مقیاس، مشتقّات مرتبهی دوم و مقادیر ویژهی هیشین تصویر، برای بهبود لکّههای پروتیینی و جداسازی نواحی لکّه از پسزمینه، فیلتری جدید ارائه شد. تصاویر الکتروفورز ژل دو بعدی ناحیهبندی شده و مکان و تعداد لکّههای موجود در تصاویر، با این فیلتر بهتر تشخیص دادهشد. الگوریتم پیشنهادی توانایی جداسازی نواحی لکّهی پروتیینی را با نرخ TPR برابر 6/78 درصد و با نرخ FPR برابر 9/14 درصد از نواحی پسزمینه دارد. درحالی که آستانه گذاری اوتسو و حوضچهی آبریز به ترتیب: با نرخهای 4/71 درصد و 7/25 درصد، و با نرخهای 9/53 درصد و 1/8 درصد جداسازی مینمایند. بررسی تعداد لکّههای صحیح استخراج شده در روش پیشنهادی، میتواند با دقّت 6/83 درصد و با نرخ TPR برابر 1/81 درصد محل قرارگیری لکّهها را تشخیص دهد. در صورتی که روشهای اوتسو، حوضچهی آبریز و مایلون به ترتیب: با دقّت 4/65 درصد و با نرخ برابر 3/78 درصد، دقّت 7/27 درصد و با نرخ 2/68 درصد، دقّت 0/74 درصد و با نرخ 7/72 درصد، مکان لکّهها را تشخیص میدهد. نتایج روش پیشنهادی، دقّت و توانایی بالاتری را در ناحیهبندی تصویر، نسبت به روشهای دیگر نشان داد.
منابع مشابه
توسعه ی فیلتری جدید برای استخراج لکّه های پروتیینی در تصاویر الکتروفورز ژل دو بعدی
الکتروفورز ژل دو بعدی یکیاز روش های پایه و پرکاربرد در علم پروتئومیک است. درین روش، پروتیین های موجود در نمونهی اوّلیه براساس دو ویژگی وزن مولکولی و بار الکتریکی در دو بعد ازهم جدا شده و تصویری از لکّههای پروتیینی میدهد. به دلیل تعداد زیاد لکّه های پروتیینی موجود دریک ژل نمونه که نزدیک به هم قرار دارند، پردازش تصاویر فرآیندی پیچیده است. وجود منابع نویز و آرتیفکت همچون شکستگی ها، آرتیفکت های ن...
متن کاملتطبیق لکههای پروتئینی در تصاویر الکتروفورز ژل دو بعدی بر پایه مدلهای احتمالاتی
تطبیق لکههای پروتئینی در تصاویر الکتروفورز ژل دو بعدی (2DGE) یکی از فرآیندهای اصلی در تحلیل این تصاویر است. بهدلیل چالشهای موجود در تصاویر 2DGE همچون حضور نویز و آرتیفکت، تطبیق لکههای پروتئینی تحت نظارت کاربران انجام میگیرد که این نظارت موجب ایجاد خطای انسانی میگردد. ازاینرو در این تحقیق، الگوریتمی جدید و خودکار برای تطبیق لکههای پروتئینی، مبتنی بر مدلهای احتمالاتی ارایه شده است. بهد...
متن کاملآنالیز تصاویر الکتروفورز ژل دو بعدی از نمونه های بیولوژیکی
پروتئومیک در واقع علم جداسازی و تعیین هویت پروتئینها و بررسی میزان حضور آنها در نمونه های بیولوژیکی است. در حال حاضر اساسی ترین تکنیک در جداسازی پروتئینها الکتروفورز ژل دو بعدی است که پروتئین ها را در دو بعد متعامد بر اساس شارژ و جرم مولکولی تفکیک می کند. پس از جدا سازی پروتئینها در صفحات حاوی ژل، این صفحات اسکن شده و تصویر آنها حاصل می شود. دو مجموعه تصویر در این تحقیق مورد استفاده قرار گرفتند...
15 صفحه اولآنالیز داده های ژل های الکتروفورز دو بعدی با استفاده از روش های آماری چند متغیره
سابقه و هدف : در سـال های اخیـر تکنولـوژی مـربوط به تـوصــیف لکه های پروتئینی نمایان شده بر ژل های الکتروفورز دو بعدی، توسعه ی قابل ملاحظه ای یافته و نرم افزارهای متعدد آماری آنالیز ژل نیز ایجاد و گسترش یافته است که تأثیر این ابتکارات بر ارتقاء پروتئومیک بسیار چشمگیر است.آنالیز داده های عظیم پروتئومیکی با دارا بودن متغیر های زیاد نیاز به روش های چند متغیره است که امکان آنالیز آماری همزمان چندین...
متن کاملآنالیز داده های ژل های الکتروفورز دو بعدی با استفاده از روش های آماری چند متغیره
سابقه و هدف : در سـال های اخیـر تکنولـوژی مـربوط به تـوصــیف لکه های پروتئینی نمایان شده بر ژل های الکتروفورز دو بعدی، توسعه ی قابل ملاحظه ای یافته و نرم افزارهای متعدد آماری آنالیز ژل نیز ایجاد و گسترش یافته است که تأثیر این ابتکارات بر ارتقاء پروتئومیک بسیار چشمگیر است.آنالیز داده های عظیم پروتئومیکی با دارا بودن متغیر های زیاد نیاز به روش های چند متغیره است که امکان آنالیز آماری همزمان چندین...
متن کاملروشی جدید در قطعه بندی خودکار تصاویر ماهواره ای با دقت بالا برای استخراج خطوط ساحلی
The objective of this paper is to introduce a new method for coastlines delineation from high-resolution satellite images automatically. The proposed approach integrates the color histogram analysis for estimating the number of clusters, fuzzy c-partition, and genetic algorithms for optimizing fuzzy c-partition matrix. The imagery is classified into homogenous areas using the proposed fuzzy log...
متن کاملمنابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده{@ msg_add @}
عنوان ژورنال
دوره 8 شماره 2
صفحات 183- 202
تاریخ انتشار 2014-06-22
با دنبال کردن یک ژورنال هنگامی که شماره جدید این ژورنال منتشر می شود به شما از طریق ایمیل اطلاع داده می شود.
کلمات کلیدی
میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com
copyright © 2015-2023